Rafik Chelly est né le 6 septembre 1944 à Menzel-Temime (Tunisie). Après ses études à la Faculté de Droit de Tunis et à l’Ecole Nationale d’Administration, il intègre l’Ecole Nationale Supérieure de Police à Saint-Cyr-au Mont-d’Or, en France pour obtenir le diplôme de Commissaire de Police. Il poursuit des études en criminologie à l’Institut de Médecine légale et de Criminologie Clinique à Lyon. Il obtient également le diplôme de l’Institut de Défense Nationale à Tunis. Il occupa plusieurs postes de responsabilités au sein du Ministère de l’Intérieur dont celui de Directeur de la Sécurité du Chef de l’Etat et des Personnalités Officielles au temps du Président Habib Bourguiba.
En 1981, il occupa le poste de coordinateurs des Services Spéciaux puis celui de conseiller d’ambassade à Paris (1982–1984), puis de Directeur de la Sécurité Extérieure en tant que commissaire général de police 1ère classe, Directeur de la Police Judiciaire et Inspecteur Général des Services de la Sûreté Nationale. Il a été nommé Consul Général de Tunisie à Tripoli de 1972 à 1997.
Il a participé à une formation de lutte anti-terrorisme aux Etats-Unis. En 2015, il occupa le poste de Secrétaire d’Etat aux Affaires Sécuritaires. Il est actuellement Secrétaire Général du Centre Tunisien des Etudes sur la Sécurité Globale. Il a participé à plusieurs études sur la lutte contre le terrorisme.
Il est l’auteur d’un ouvrage en 2012, intitulé « Le Syndrome de Carthage des Présidents Habib Bourguiba et Zine El-Abidine Ben Ali ». Il est Chevalier de l’Ordre de l’Indépendance et Commandeur de l’Ordre de la République.